Важные сведения об использовании продукции BIOplastics в ПЦР и Real Time ПЦР анализах

Усиление сигнала при использовании белых и матированных микропробирок

Соотношение сигнал/шум при проведении количественной ПЦР может быть существенно повышено за счет использования матированных пробирок, стрипов и планшетов. Установлено, что использование матированных (матовых) пробирок позволяет генерировать более высокое соотношение сигнал/шум (до 40%) по сравнению с ульрапрозрачным исполнением. Белые варианты пластика наилучшим образом повышают данное соотношение сигнал/шум, превосходя на 90% и более — прозрачные, и, как минимум, на 50% — матированные. Возможное загрязнение термоблока флуоресцентными красителями, а также различия в покрытии микропробирок могут искажать уровень детектируемого сигнала.

Использование белого варианта пробирок практически полностью исключает данное воздействие, тогда как матированный вариант позволяет его минимизировать по сравнению с ультрапрозрачным вариантом. Использование уникальной технологии BPLPM — BIOplastics particle mix (инкорпорирование инертных микрочастиц) при изготовлении продукции для ПЦР и ПЦР в реальном времени позволяет добиваться усиления уровня сигнала и минимизировать шумы.

Различия в  пробирках низкого (0,1 мл), стандартного (0,2 мл) и высокого (0,2 мл) профиля

С тех пор, как низкопрофильные микропробирки были выведены на рынок, некоторые компании переименовали оригинальное обозначение «0,2 мл микропробирки с низким профилем» в «0,1 мл микропробирки». Низкопрофильные (0,1 мл) тонкостенные пробирки для ПЦР используются в «быстрых системах», таких как ABI Fast, Roche LightCycler® 480, а также в ПЦР-амплификаторах с режимом реального времени с регулируемыми по высоте крышками.

Разница между низкопрофильными микропробирками на 0,1 мл и обычными микропробирками стандартного профиля — это высота продукта и, следовательно, объем, который они могут вмещать. Низкопрофильные пробирки вмещают меньший объем воздуха над реакционной смесью по сравнению с микропробирками стандартного или высокого профиля, что позволяет снизить переход реакционной смеси в газовую фазу, уменьшить концентрирование образцов и нивелировать различия условий реакции, и тем самым  — повысить воспроизводимость результатов исследований.

В наиболее скоростных термоциклерах (амплификаторах) используются в основном низкопрофильные микропробирки, стрипы и планшеты, в то время как большинство классических термоциклеров совместимы с пробирками, стрипами и планшетами стандартного и высокого профиля. Обычно термоциклеры без регулируемых по высоте крышек совместимы только с одним типом изделия определенной высоты профиля.

Изделия BIOplastics доступны во всех вариантах высоты профиля, а метрические параметры продукции низкого, стандартного и высокого профилей представлены на чертежах и фотографиях ниже.

Исключительно равномерная толщина стенок – золотой стандарт для кПЦР

Исключительно равномерная толщина стенок микропробирок не допускает неравномерного испарения реакционной смеси. При этом, происходит равномерный нагрев и охлаждение всего объема реакционной смеси и достигается наиболее высокая воспроизводимость результатов реакции.

Газонепроницаемость

Полипропилен не является полностью газонепроницаемым, и процесс испарения реакционной смеси через стенки микропробирок является неизбежным. Разработчики BIOplastics проектируют свои микропробирки с тонкими стенками в нижней, посадочной части, для максимальной передачи тепла от нагревательного блока термоциклера, и утолщенные стенки в верхней части для минимизации испарения через полипропилен. Все это существенно увеличивает воспроизводимость результатов. Толщина стенки изделий BIOplastics определяется и измеряется на расстоянии 3 мм от дна, где имеет следующие значения:

• для одиночных микропробирок и стрипов: 0,30±0,05 мм
• для планшетов: 0,35±0,05 мм

Наклон стенки микропробирки для максимального соприкосновения

Лучшая посадка за счет равномерной толщины стенок

Различные бренды и модели амплификаторов имеют несколько разные углы и диаметры посадочных отверстий в термоблоке. Компания BIOplastics использует опыт и компетенцию своей сестринской компании (CYCLERtest) и глубокое понимание процессов, происходящих в ходе ПЦР, при проектировании своей продукции.

ПЦР-микропробирки BIOplastics имеют угол наклона стенки, оптимизированный для максимального соответствия всем основным брендам и моделям классических амплификаторов и амплификаторов с анализом в режиме реального времени (Real-Time), что обеспечивает максимальный теплообмен и оптимальные результаты эксперимента.

Микропробирки низкого, стандартного и высокого профиля

Стандартный профиль слева и низкий справа

В низкопрофильных микропробирках имеется меньший объем воздуха над реакционной смесью, чем в стандартных и высокопрофильных. Это обеспечивает меньшее испарение и переход реакционной смеси в газовую фазу, и, соответственно, меньшее концентрирование образца, выравнивание условий реакции и более воспроизводимые результаты.

Самые скоростные на сегодняшний день термоциклеры совместимы только с низкопрофильными пробирками, стрипами и планшетами. В то время, как большинство классических термоциклеров совместимы со стандартными и высокопрофильными микропробирками, стрипами и планшетами.

Простое открытие/закрытие микропробирки, «умный» дизайн крышки

«Умная» конструкция и наличие уплотнительных колец вокруг точек запирания микропробирки обеспечивают герметичное закрывание, уменьшают испарение и позволяют достигать более воспроизводимых результатов. Превосходные свойства уплотнительного ободка позволяют проводить реакции ПЦР в объеме до 5 мкл. Конструкция крышки обеспечивает минимальное усилие, необходимое для закрытия и открытия, что высоко ценится пользователями и минимизирует риски контаминации.

Заглубленная оптическая область на крышках

Заглубленная оптическая область предотвращает загрязнение поверхности от касания пользователем

Крышки микропробирок и стрипов предназначены для пропускания флуоресцентного сигнала в оптический блок для детектирования в режиме реального времени. Для закрытия стрипов и планшетов компания BIOplastics предлагает широкий ассортимент стрипованных крышек, а также пленки для заклеивания планшетов «Optiseal». Оптически прозрачные крышки имеют максимальную площадь оптической области (12,6 мм2), а толщина «оптического окна» уменьшена до 0,30 мм, что минимизирует поглощение света полипропиленом.

Дизайнеры BIOplastics спроектировали «оптическую область» с заглублением от поверхности крышки, что предотвращает «касание» оптической области в процессе постановки эксперимента. Крышки с широкой оптической областью совместимы с любыми микропробирками, стрипами и планшетами для ПЦР. Прочная конструкция предотвращает возможные деформации при установке и извлечении крышек.

Особый состав полипропилена с низкими характеристиками адгезивности – “ЮЛА” / ULA – Ultra Low Adhesion

Хотя в целом полипропилены химически инертны, они все же имеют заряженные группы, а также обладают статическими свойствами и гидрофобными областями. Различные типы и смеси полипропилена по разному связывают ионы, такие как магний, а также белки, ДНК и другие заряженные группы, что может существенно влиять на результаты эксперимента. Компания BIOplastics при изготовлении своей продукции использует 3 различных состава полипропилена, которые относятся к типам O, A и M. Полипропилен O-типа является оптимальным материалом при изготовлении продукции для количественной ПЦР. Полипропилен A-типа похож на классическую полипропиленовую смесь, имеет лучшие химические свойства по сравнению с O-типом и пригоден для большинства классических лабораторных приложений. Материал М-типа является более прочным и, в основном, используется для пробирок 0,5 мл, 1,5 мл и 2 мл, а также для стандартных наконечников к дозаторам без фильтра. Для постановки ПЦР и Real Time ПЦР мы рекомендуем продукцию из материала O-типа для достижения оптимальных результатов, поскольку он является низкоадгезивным (ULA — Ultra Low Adhesion, Maximum recovery, Low Binding) и показывает самую высокую теплопроводность. Компоненты полипропилена O- и M-типа специально подобраны за счет их низкоадгезивных характеристик по отношению к ДНК, РНК и белкам. Все пробирки, пробирки в стрипах, планшеты для ПЦР, а также все наконечники с фильтром BIOplastics по умолчанию изготовлены из низкоадгезивного полипропилена О-типа (ULA — Ultra Low Adhesion, Maximum recovery, Low Binding). В каталоге BIOplastics Вы также можете найти и другую продукцию со сверхнизкой связываемостью ULA – криопробирки, микроцентрифужные пробирки, пробирки для ИФА анализаторов (титер-трубки) и ULA-наконечники без фильтра.

Кодирование и маркировка продукции с использованием технологии BPLPM

Одним из последних нововведений компании BIOplastics является включение особых микрочастиц в состав материала, из которого изготовлен ассортимент продукции для ПЦР (матовые и белые продукты). В дополнение к основному ассортименту продуктов для ПЦР предлагаются технология BPLPM (смесь микро частиц BIOplastics). Не мешая процессу ПЦР, эти частицы по своей природе увеличивают отношение сигнал / шум при проведении ПЦР в реальном времени. Технология BPLPM позволяет наносить лазерную маркировку, в то время как другим пользователям приходится использовать чернила, штампы или красители, содержащие органические растворители, либо наклейки —  все это может оказаться нестойким в процессе работы, особенно при замораживании/размораживании и нагревании. С продукцией BIOplastis — никаких подписей маркерами, процесс маркировки без ошибок, без удаления меток, без двойных идентификационных номеров и т.д. Просто используйте уникальный идентификатор в начале Вашего эксперимента. Свяжите уникальный идентификатор с Вашей лабораторией, образцом, анализом — любым требуемым Вам образом. Технология BPLPM используется в выбранном диапазоне продуктов, объем которых будет увеличен в будущем (пробирки, стрипы, планшеты для ПЦР, титер-трубки, микроцентрифужные пробирки, криопробирки). Технология BPLPM особенно полезна для аккредитованных лабораторий и в диагностической практике, что позволяет улучшить процедуры и снизить риски сбоев в маркировке. В зависимости от объемов закупки доступны настраиваемые шаблоны и индивидуальные коды под заказ. Это может оказаться полезным для производителей комплектов диагностических наборов и позволит эффективно отслеживать продукты и приложения. Вы также можете приобрести самый обычный лазерный маркиратор и наносить собственную лазерную маркировку прямо в лаборатории.

Воспроизводимость кривых при анализе результатов ПЦР в реальном времени

Компания BIOplastics нацелена на обеспечение максимальной точности в изготовлении своей продукции, в то же время точные спецификации продукта способствуют высокой воспроизводимости.

Микропробирки BIOplastics имеют среднюю толщину стенки 0,30 мм и максимальный допуск 0,05 мм. Такие чрезвычайно жесткие допуски обеспечивают однородность и воспроизводимость продукции для ПЦР. Соответственно, достигается воспроизводимость в кривых плавления и кривых плавления высокого разрешения, обычно используемых в пост- ПЦР процессах. Кривые плавления могут быть нормализованы с использованием CYCLERtest® «услуги многоканальной динамической калибровки амплификатора» и других инструментов калибровки. (pcrcontrol.ru, cyclertest.com)

См. также:

• Преимущества пластика BIOplastics
• Калибровка ПЦР амплификатора
• Вариабельность пластика для (количественной) ПЦР и молекулярной диагностики (MDx)